Trong khu vực Đông Nam Á, có 6/11 quốc gia đã thành lập Cơ quan nhân quyền quốc gia (NHRIs) và hầu hết các NHRIs dưới dạng “Ủy ban nhân quyền” (Indonesia, Malaysia, Philippines, Thái Lan và Myanmar), chỉ riêng Đông Timo được thành lập dưới dạng “Thanh tra Quốc hội” (Ombusman). Nhìn chung, các NHRIs ở khu vực Đông Nam Á đều được thành lập dựa trên cơ sở các quy định của Hiến pháp và/hoặc các đạo luật riêng, và đều có chức năng bán tư pháp (tức là có thẩm quyền tài phán và giải quyết khiếu kiện).
Việc thành lập các NHRIs là một bước tiến hết sức quan trọng trong thúc đẩy và bảo vệ nhân quyền tại khu vực Đông Nam Á. Tuy nhiên, trong thực tế việc tổ chức và hoạt động của nhiều cơ quan này vẫn còn hạn chế, cụ thể như sau:
Thứ nhất, về cơ sở pháp lý, ở một số nước NHRIs được thành lập dựa trên Hiến pháp, nhưng một số nước việc thành lập chỉ được quy định tại văn bản luật. Tại một số quốc gia, mặc dù được thừa nhận tại Hiến pháp, tuy nhiên do Hiến pháp không thể quy định rõ về NHRIs này mà hoạt động của chúng được cụ thể bởi các văn bản luật hoặc dưới luật, do vậy, tình trạng thiếu ổn định về cơ sở pháp lý khi có sự thay đổi các văn bản pháp luật vẫn xảy ra.
Thứ hai, về tài chính, do được nhà nước thành lập nên nguồn ngân sách của các NHRIs ở Đông Nam Á phụ thuộc vào nhà nước. Việc không độc lập về tài chính khiến hoạt động của các cơ quan này gặp những trở ngại không nhỏ bởi các quan chức hoặc các cơ quan khác của nhà nước. Vì vậy, mặc dù được trao những quyền hạn nhất định bởi Hiến pháp hay luật, nhưng các NHRIs ở Đông Nam Á thường không thể thực hiện được đầy đủ các hoạt động của mình một cách hiệu quả. Ví dụ, chương trình bảo vệ nhân chứng tại Philippines, trong quá trình giải quyết vụ việc, với ngân sách eo hẹp, NHRIs của nước này đã không có đủ kinh phí để thực hiện nhiệm vụ cung cấp các khoản trợ cấp về tài chính, chỗ ở bảo đảm duy trì cuộc sống cho nạn nhân các vụ vi phạm nhân quyền và gia đình họ. Hoặc ở Thái Lan, kinh phí của NHRIs chỉ đủ hỗ trợ chi phí di chuyển tới tham gia làm chứng cho những nạn nhân của vi phạm nhân quyền. Do không được bảo vệ, rất khó để họ khách quan cung cấp thông tin, nhất là khi bị đe dọa bởi các yếu tố khác, dẫn tới khó khăn trong việc giải quyết các vi phạm về nhân quyền.
Thứ ba, về nhân sự, tại một số quốc gia, các thành viên của NHRIs trực tiếp, hay gián tiếp được bổ nhiệm từ cán bộ quan chức chính phủ, dẫn đến những trở ngại trong việc giám sát hiệu quả, vô tư đối với hoạt động của chính phủ, nhất là với những vi phạm nhân quyền do các cơ quan và nhân viên chính phủ gây ra.
Thứ tư, về thẩm quyền, theo Nguyên tắc Paris, các NHRIs phải có khả năng thực hiện các nhiệm vụ cơ bản như sau: (1) thúc đẩy quyền con người, tức là tạo ra một nền văn hóa quốc gia về quyền con người với việc áp dụng các chuẩn mực nhân quyền quốc tế, tiến hành giáo dục cộng đồng và cung cấp đầu mối về quyền con người để công chúng hiểu các quyền và việc thực thi chúng; (2) bảo vệ nhân quyền, tức là giúp xác định và điều tra các vi phạm nhân quyền, đưa những người chịu trách nhiệm về vi phạm nhân quyền ra trước công lý, đồng thời đưa ra biện pháp khắc phục thiệt hại cho các nạn nhân. Tuy nhiên, ở khu vực Đông Nam Á, các NHRIs hầu hết mới chỉ có thẩm quyền thúc đẩy nhân quyền, dừng lại ở việc đưa ra các khuyến nghị, tham vấn, báo cáo tới cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Về thẩm quyền bảo vệ, mặc dù pháp luật ở các quốc gia khu vực này hầu hết đều quy định NHRIs được tham gia quá trình điều tra, tuy nhiên thường gặp nhiều khó khăn trong quá trình thực hiện thẩm quyền này. Bên cạnh đó, một số NHRIs được trao thẩm quyền bảo vệ nhân chứng, cung cấp hỗ trợ tài chính và nơi sinh hoạt cho những nạn nhân của vi phạm nhân quyền và gia đình của họ, thậm chí NHRI còn có thể tiến hành cấp tiền bồi thường, khắc phục hậu quả cho các nạn nhân bị vi phạm nhân quyền (như ở Philippines) song do những lý do khách quan, việc thực thi những thẩm quyền này cũng rất khó khăn.
