Cùng với bình thường và mở rộng sinh hoạt tôn giáo của tín đồ, một nội dụng đặc biệt quan trọng trong việc thực hiện chính sách tôn giáo ở Việt Nam từ khi đổi mới đến nay là việc công nhận các tổ chức tôn giáo. Vì nhiều lý do, trong đó có nhận thức cho rằng “tôn giáo sẽ tiêu vong trong quá trình xây dựng chủ nghĩa xã hội”, tôn giáo có tổ chức tạo thành lợi thế riêng gây khó khăn cho chính quyền trong quá trình tồn tại, có việc một số tổ chức tôn giáo liên quan về chính trị với chế độ cũ… nên sau năm 1975, hầu hết các tổ chức tôn giáo không được thừa nhận về tổ chức, ảnh hưởng rất lớn đến những nhu cầu bình thường của đời sống tôn giáo. Trước đổi mới, ở Việt Nam chỉ có ba tôn giáo được Nhà nước công nhân hoạt động về tổ chức của Phật giáo, Công giáo, Tin lành ở miền Bắc.
Trước khi có Pháp lệnh Tín ngưỡng, tôn giáo năm 2004, Nhà nước Việt Nam công nhận 14 tổ chức tôn giáo, chủ yếu là những tôn giáo lớn, đồng tín đồ và chức sắc, có phạm vi hoạt động rộng. Ngoài các tổ chức đã được công nhận từ trước, trong giai đoạn này, lần lượt theo thời gian có 11 tổ chức tôn giáo mới được Nhà nước công nhận là: Ban Đại diện Cộng đồng Hồi giáo Thành phố Hồ Chí Minh được công nhận năm 1992; Hội thánh Cao Đài Tiên Thiên được công nhận năm 1995; Hội thánh Cao Đài Minh Chơn đạo được công nhận năm 1996; Hội thánh Cao Đài Chiếu Minh Long Châu được công nhận năm 1996; Hội thánh Truyền giáo Cao Đài được công nhận năm 1996; Hội thánh Cao Đài Tây Ninh được công nhận năm 1997; Hội thánh Cao Đài Ban Chỉnh đạo được công nhận năm 1997; Hội thánh Cao Đài Bạch y được công nhận năm 1998; Ban Đại diện Phật giáo Hòa Hảo được công nhận năm 1999 và Giáo hội Phật giáo Hòa Hảo được chính thức công nhận năm 2004; Hội thánh Cao Đài Chơn lý được công nhận năm 2000; Hội thánh Cao Đài Cầu Kho – Tam Quan được công nhận năm 2000; Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam) được công nhận năm 2001. Điều cần quan tâm là các lân công nhận tổ chức tôn giáo nói trên, các văn bản của Nhà nước đều nói rõ là “công nhận tư cách pháp nhân” như với các tổ chức Cao Đài, Hội thánh Tin lành Việt Nam (miền Nam). Riêng trường hợp Phật giáo Hòa Hảo, việc thành lập Ban Đại diện Phật giáo Hòa Hảo năm 1999 là quá độ để tiến tới thành lập Giáo hội Phật giáo Hòa Hảo năm 2004.
Sinh hoạt tôn giáo của người dân tộc thiểu số đang được đặc biệt coi trọng
– Sau khi có Pháp lệnh Tín ngưỡng, tôn giáo và đặc biệt là Luật Tín ngưỡng, tôn giáo năm 2016, tính đến hết ngày 31/12/2021, Nhà nước đã công nhận và cấp giấy chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo cho 29 tổ chức. Từ khi Luật Tín ngưỡng, tôn giáo ra đời năm 2016, mới sử dụng cụm từ “pháp nhân phi thương mại” với việc công nhận tổ chức tôn giáo. Theo thời gian, lần lượt các tổ chức tôn giáo được Nhà nước công nhận và cấp giấy chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo trong giai đoạn này gồm: Ban Đại diện Cộng đồng Hồi giáo tỉnh An Giang (2004) và sau đổi tên thành Cộng đồng Hồi giáo (Hồi) tỉnh An Giang (2020); Hội đồng Sư cả Hồi giáo Bà – ni tỉnh Ninh Thuận (2007); Hội Truyền giáo Cơ đốc Việt Nam (2007); Minh lý đạo – Tam tông miếu (2008); Giáo hội Phật đường Nam tông Minh sư đạo (2008); Tổng hội Báp-tít Việt Nam – Ân điển Nam Phương (2008); Hội đồng Tinh thần tôn giáo Baha’i Việt Nam (2008); Hội thánh Báp-tít Việt Nam – Nam Phương (2008); Tịnh độ Cư sỹ Phật hội Việt Nam (2008); Hội thánh Tin lành Trưởng lão Việt Nam (2008); Giáo hội Cơ đốc Phục lâm Việt Nam (2008); Hội thánh Mennonite Việt Nam (2009); Bửu Sơn Kỳ Hương (2009); Pháp môn Cao Đài Chiếu Minh Tam thanh Vô vi (2010); Hội thánh Liên hữu Cơ đốc Việt Nam (2010); Đạo hội Tứ Ân Hiếu Nghĩa (2010); Ban Đại diện Cộng đồng Hồi giáo tỉnh Tây Ninh (2010); Hội thánh Cao Đài Việt Nam (Bình Đức) được công nhận năm 2011; Ban Đại diện Cộng đồng Hồi giáo tỉnh Ninh Thuận (được công nhận năm 2012); Hội đồng Sư cả Hồi giáo Bà – ni tỉnh Bình Thuận (được công nhận năm 2012); Ban Quản trị Thánh đường Al Noor Hà Nội (được công nhận năm 2013); Phật giáo Hiếu nghĩa Tà Lơn (2016); Hội thánh Tin lành Liên hiệp Truyền giáo Việt Nam (2018); Hội thánh Phúc âm Toàn vẹn Việt Nam (2018); Giáo hội các Thánh hữu ngày sau của Chúa Giê – su Ky – tô Việt Nam, còn gọi là Mormon hay Mặc Môn (2019) được cấp giấy chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo dựa trên Ban Đại diện Giáo hội các Thánh hữu ngày sau của Chúa Giê – su Ky – tô Việt Nam (Mormon hay Mặc Môn) được chấp thuận năm 2016. Riêng Hội thánh Phúc âm Ngũ tuần Việt Nam được công nhận pháp nhân năm 2019 sau 10 năm được cấp giấy chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo (2009).
Như vậy, tính đến 31/12/2021, có tất cả 43 tổ chức tôn giáo thuộc 16 tôn giáo khác nhau có địa vị pháp lý hoạt động ở Việt Nam, trong đó, có 36 tổ chức được công nhận, 04 tổ chức và 01 pháp môn tu học được cấp giấy chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo; 01 tôn giáo (Bửu Sơn Kỳ Hương) có một số chùa tại một số tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương được cấp chứng nhận đăng ký hoạt động tôn giáo, công nhận Ban Trị sự, Ban Quản trị chùa; 01 Thánh đường của Hội giáo tại số 12 Hàng Lược được công nhận Ban Quản trị thánh đường. Quần chúng tín đồ, chức sắc các tổ chức tôn giáo được công nhận rất phấn khởi, mối quan hệ giữa tổ chức tôn giáo với chính quyền được cải thiện rõ rệt theo hướng ngày càng tích cực; các hoạt động tôn giáo liên quan đến tổ chức tôn giáo đều được triển khai để đáp ứng nhu cầu sinh hoạt tôn giáo của tín đồ và hoạt động của chức sắc.
