Trong bối cảnh LHQ tiến hành cải tổ sâu rộng bộ máy tổ chức, Uỷ ban Nhân quyền đã được thay thế bằng Hội đồng Nhân quyền, trực thuộc Đại hội đồng, cơ quan toàn thể của LHQ. Hội đồng Nhân quyền được thành lập và đi vào hoạt động từ 6/2006, trở thành cơ quan chịu trách nhiệm chính của LHQ về thúc đẩy và bảo vệ quyền con người.
Với Đại hội đồng Liên hợp quốc (Ủy ban III)
HĐNQ là cơ quan trực thuộc và do Đại hội đồng thành lập, các thành viên Hội đồng do Đại hội đồng bầu ra và Hội đồng có nghĩa vụ đệ trình báo cáo hàng năm lên Đại hội đồng Liên họp quốc[1]. Đối với các nghị quyết, báo cáo của HĐNQ cần được Đại hội đồng thông qua, theo quy định về thủ tục, HĐNQ chuyển đến ủy ban về các vấn đề nhân quyền, nhân đạo và xã hội của Đại hội đồng (Ủy ban III) xem xét thông qua, sau đó mới chuyển đến Đại hội đồng. Với tư cách là cơ quan trực thuộc, Hội đồng cũng thảo luận các vấn đề do Đại hội đồng yêu cầu và gửi báo cáo, khuyến nghị lên Đại hội đồng.
Với Hội đồng Bảo an
Trên thực tế, từ khi HĐNQ thành lập đến nay, hầu như chưa có một sự tham vấn chính thức nào giữa hai cơ quan này về những vấn đề mà cả hai cơ quan cùng đang xem xét, ngoại trừ việc trao đổi thông tin giữa hai Ban thư ký. Tuy nhiên, do các vấn đề hòa bình, an ninh và nhân quyền liên quan mật thiết với nhau và các cuộc xung đột thường đi kèm với các vi phạm nghiêm trọng về nhân quyền và luật nhân đạo nên nhiều vấn đề được cả HĐNQ và Hội đồng Bảo an xem xét, thảo luận, tuy nhiên dưới những góc độ khác nhau trên cơ sở chức năng và lĩnh vực thuộc thẩm quyền của từng cơ quan[2].
Với Cao ủy Nhân quyền Liên hợp quốc và Văn phòng Cao ủy
Cao ủy Nhân quyền Liên hợp quốc có quy chế hoạt động độc lập, tuy nhiên một trong những nhiệm vụ chính là hỗ trợ các hoạt động của Hội đồng Nhân quyền theo yêu cầu của Hội đồng. Theo tinh thần nghị quyết A/RES/48/141 của Đại hội đồng Liên hợp quốc, Cao ủy Nhân quyền có chức năng thực hiện các nhiệm vụ về nhân quyền do các cơ quan chuyên môn của Liên hợp quốc giao phó, đưa ra khuyến nghị cho các cơ quan này nhằm thúc đẩy và bảo vệ có hiệu quả tất cả các quyền con người, kể cả quyền phát triển; báo cáo hàng năm lên Hội đồng Nhân quyền (trước đây là Ủy ban Nhân quyền) và Đại hội đồng Liên hợp quốc (trước đây báo cáo lên Hội đồng Kinh tế – Xã hội)[3]. Trên thực tế ngoài báo cáo hàng năm, Cao ủy Nhân quyền thường xuyên có báo cáo cập nhật tình hình tại mỗi khóa họp Hội đồng Nhân quyền và các báo cáo chuyên đề theo yêu cầu của Hội đồng Nhân quyền.
Chức năng, nhiệm vụ của Văn phòng Cao ủy cũng được Hội đồng Nhân quyền quy định trong nghị quyết A/HRC/5/1, cụ thể là đảm nhận vai trò Ban thư ký của Hội đồng Nhân quyền, có nhiệm vụ tiếp nhận, dịch, in ấn và lưu hành các tài liệu, báo cáo, nghị quyết của HĐNQ và các cơ chế trực thuộc, phiên dịch các phát biểu và lưu hành biên bản các phiên họp; hỗ trợ và cung cấp các điều kiện kỹ thuật, vật chất cho hoạt động của các cơ chế của HĐNQ (thủ tục đặc biệt, thủ tục khiếu nại…), là cơ quan thường trực tiếp nhận các kháng thư và trả lời kháng thư của các nước.
Như vậy, với nhiệm vụ là Ban thư ký, là đầu mối tiếp nhận, thu thập, tập hợp, cung cấp thông tin và dữ liệu về nhân quyền, hỗ trợ kỹ thuật, hậu cần cho HĐNQ và các cơ chế trực thuộc, Văn phòng Cao ủy Nhân quyền có vai trò trên thực tế rất lớn trong các hoạt động của HĐNQ và các cơ chế trực thuộc. Văn phòng Cao uỷ là nơi dự thảo các tài liệu, báo cáo hoạt động của Hội đông Nhân quyền và các cơ quan trực thuộc, là “phễu lọc” trước khi thông tin được lưu hành, “khuyến nghị” về sự hợp lệ hay không của một kháng thư, dự thảo các báo cáo của các Thủ tục đặc biệt (các trợ lý của các Báo cáo viên đặc biệt là nhân viên của Văn phòng Cao ủy). Do đó, nhiều nước đang phát triển đề nghị HĐNQ cần phải kiểm soát hoạt động và việc tuyển chọn nhân viên của Văn phòng Cao ủy, đề nghị phải có tiêu chí rõ ràng và phải đảm bảo tỷ lệ cân bằng về địa lý.[4]
Với các cơ quan công ước (treaty bodies)
Mối quan hệ giữa HĐNQ và các cơ quan công ước về cơ bản là quan hệ hợp tác, phối hợp và trao đổi thông tin. Đặc biệt từ khi có Cơ chế rà soát định kỳ phổ quát (UPR), các ý kiến (observations), khuyến nghị của các cơ quan Công ước đối với các nước trở thành các nội dung quan trọng phục vụ các phiên kiểm điểm UPR của mỗi nước. Các thông tin này được Văn phòng Cao ủy tập hợp lại thành tài liệu tổng hợp và là một trong ba tài liệu của Nhóm làm việc về UPR. Nhiều nước thường sử dụng tài liệu này để đưa ra nhận xét và khuyến nghị đối với nước đang kiểm điểm trong khuôn khổ Cơ chế UPR.
[1] Nghị quyết A/RES/60/251 ngày 3/4/2006 của Đại hội đồng Liên hợp quốc, điều 1 và điều 5, khoản j.
[2] Hội đồng Bảo an và Hội đồng Nhân quyền hiện đang cùng xem xét các vấn đề có liên quan đến nhau như: tình hình cướp biển Somalia và tình hình nhân quyền tại Somalia, tình hình xung đột và nhân quyền tại Sudan, tình hình xung đột và vi phạm nhân quyền tại Palestine bị chiếm đóng, tình hình nhân quyền Myanmar (tuy nhiên vấn đề Myanmar tại Hội đồng Bảo an nằm trong danh mục các vấn đề dự phòng, không phải thảo luận thường xuyên).v.v..
[3] Nghị quyết A/RES/60/251 ngày 3/4/2006 của Đại hội đồng Liên hợp quốc, điều 1 và điều 5, khoản g.
[4] Tại các phiên thảo luận với Cao ủy Nhân quyên hàng năm, các nước, đang phát triển thường nêu vân đề tuyển chọn cán bộ Văn phòng với Cao ủy Nhân quyền và đề nghị phải có tiêu chí cụ thể, rõ ràng cũng như tính đến yếu tố cân bằng địa lý, ví dụ như phát biểu của các nước Angieri, Nigieria, Mehico, Cuba, Philippines… tại phiên thảo luận báo cáo “Hoạt động và kết quả của Văn phòng Cao ủy Nhân quyền năm 2009” ngày 28/5/2010.
