Ban Tôn giáo Chính phủ áp dụng nhiều điểm mới trong quy trình thủ tục đăng ký, công nhận tổ chức tín ngưỡng, tôn giáo (trong đó có việc áp dụng thủ tục trực tuyến).
Sau khi Luật tín ngưỡng, tôn giáo và Nghị định số 162/2017/NĐ-CP của Chính phủ có hiệu lực thi hành (từ ngày 01/01/2018), Bộ trưởng Bộ Nội vụ đã ban hành Quyết định số 199/QĐ-BNV ngày 31/01/2018 về việc công bố thủ tục hành chính trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo thuộc phạm vi chức năng quản lý của Bộ Nội vụ, gồm 96 thủ tục thuộc 04 cấp (Trung ương, cấp tỉnh, cấp huyện và cấp xã); các thủ tục này đều được niêm yết và công bố công khai theo quy định.
Ban Tôn giáo Chính phủ đã triển khai thực hiện, xử lý, giải quyết 43 thủ tục hành chính trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo trên cổng Dịch vụ công trực tuyến mức độ 4, đảm bảo nhanh gọn, hiệu quả, giảm thời gian đi lại cho các chức sắc, chức việc các tôn giáo, được các tổ chức, cá nhân tôn giáo hài lòng và đánh giá cao. Năm 2020, Ban Tôn giáo Chính phủ đã tiếp nhận, giải quyết 18 thủ tục hành chính qua Cổng Dịch vụ công trực tuyến mức độ 4.
Hiện có 62 tổ chức và cá nhân đã tạo tài khoản và thực hiện dịch vụ công trực tuyến trên hệ thống phần mềm dịch vụ công trực tuyến của Ban Tôn giáo Chính phủ. Tại địa phương, thực hiện cơ chế một cửa liên thông trong giải quyết các thủ tục hành chính, niêm yết công khai các thủ tục hành chính, thời hạn trả lời.
Thanh tra, kiểm tra việc thực hiện Luật tín ngưỡng, tôn giáo: Công tác thanh tra, kiểm tra việc thực hiện Luật tín ngưỡng, tôn giáo được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật và đảm bảo hiệu quả; kịp thời phát hiện và xử lý các vi phạm trong thực hiện Luật Tín ngưỡng, tôn giáo tại các địa phương. Từ năm 2019 đến nay, Ban Tôn giáo Chính phủ đã thành lập 23 đoàn thanh tra, kiểm tra tại 23 tỉnh, thành phố; các tỉnh, thành phố còn lại tự kiểm tra và báo cáo về Ban Tôn giáo Chính phủ. Công tác tiếp công dân và giải quyết khiếu kiện, khiếu nại, tố cáo được duy trì và thực hiện hiệu quả.
Hàng năm, Ban Tôn giáo Chính phủ đã tiếp nhận, xử lý và phối hợp với các cơ quan chức năng ở Trung ương và địa phương giải quyết nhiều đơn thư phản ánh, khiếu nại, tố cáo của các tổ chức, cá nhân tôn giáo. Hiệu lực, hiệu quả công tác quản lý nhà nước được tăng cường, đáp ứng nhiệm vụ công tác tôn giáo trong tình hình mới.
