Việc thể chế hoá các quan điểm của Đảng về tín ngưỡng, tôn giáo là cả một quá trình không chỉ về nội dung mà còn nâng cao về tính pháp lý, bảo đảm về quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo, có ý nghĩa quan trọng cả về đối nội và đối ngoại, phù hợp với chủ trương cải cách thể chế, đơn giản hóa thủ tục hành chính hiện nay ở Việt Nam, đảm bảo lợi ích của quốc gia, dân tộc và các tổ chức tôn giáo
Thể chế hóa các quan điểm của Đảng trong Nghị quyết số 24, Nhà nước đã ban hành Nghị định số 69/HĐBT, ngày 21/3/1991 của Hội đồng Bộ trưởng quy định về các hoạt động tôn giáo tạo hành lang pháp lý cho hoạt động tôn giáo và quản lý các hoạt động tôn giáo trong giai đoạn đầu những năm đổi mới; 9 năm sau Chính phủ ban hành Nghị định số 26/1999/NĐ-CP về các hoạt động tôn giáo thay thế Nghị định số 69.
Khi Nghị quyết số 25 ra đời, thì việc thể chế hóa đã nâng lên một bước, đó là ngày 18/6/2004, Uỷ ban Thường vụ Quốc hội đã ban hành Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo. Pháp lệnh không chỉ đã nâng lên một bước về mặt pháp lý, mà còn bao quát khá cơ bản các hoạt động tôn giáo, như: quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của công dân; quyền và nghĩa vụ công dân của chức sắc, nhà tu hành, tín đồ các tôn giáo; quy định sự bảo hộ của Nhà nước đối với hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo; quy định hoạt động của các tín ngưỡng, các tổ chức và cá nhân tôn giáo ở Việt Nam; quy định quan hệ quốc tế của tổ chức, chức sắc, tín đồ tôn giáo,… Trên cơ sở Pháp lệnh, Chính phủ ban hành Nghị định số 22/NĐ-CP, ngày 01/3/2005 về hướng dẫn thi hành một số điều của Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo, sau đó được thay thế bằng Nghị định số 92/2012/NQ-CP, ngày 8/11/2012 của Chính phủ quy định chi tiết và một số biện pháp thi hành Pháp lệnh tín ngưỡng, tôn giáo đưa các hoạt động tôn giáo vào quản lý theo quy định pháp luật, đáp ứng cơ bản quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo của người dân, góp phần quan trọng vào sự ổn định tình hình tôn giáo và phát triển đất nước. Trên cơ sở những văn bản pháp luật quy định chung về tôn giáo, Quốc hội, Chính phủ và các bộ, ngành còn ban hành các nghị quyết, chỉ thị, thông tư quy định đối với một số tôn giáo, hoặc các lĩnh vực quản lý cụ thể.
Thể chế hóa Hiến pháp năm 2013 và cần thiết phải điều chỉnh pháp luật về tôn giáo trong bối cảnh hội nhập quốc tế và tình hình tôn giáo tiếp tục có những biến động, mở rộng không chỉ hoạt động tôn giáo mà cả các hoạt động xã hội, ngày 18/11/2016, tại kỳ họp thứ 2, Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam khóa XIV đã thông qua Luật tín ngưỡng, tôn giáo thay thế Pháp lệnh Tín ngưỡng, tôn giáo, theo đó ngày 30/12/2017 Chính phủ ban hành Nghị định số 162/2017/NĐ-CP quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật tín ngưỡng, tôn giáo, tiếp tục tạo hành pháp lý quan trọng cho các hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo.
So với Pháp lệnh, Luật có những điểm như: mở rộng chủ thể thực hiện quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo; bổ sung 01 chương về quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo; quy định rõ hơn đối với các hoạt động tôn giáo, người nước ngoài cư trú hợp pháp tại Việt Nam; quy định tư cách pháp nhân của tổ chức tôn giáo; bổ sung 01 chương về hoạt động tín ngưỡng… Về phân cấp quản lý: một số nội dung trước đây thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ, Luật đã phân cấp cho cơ quan quản lý nhà nước về tín ngưỡng, tôn giáo ở trung ương. Việc này vừa giảm tải công việc cho Thủ tướng Chính phủ, vừa tăng thẩm quyền, trách nhiệm cho cơ quan quản lý chịu trách nhiệm trước Chính phủ, vừa giúp cho các tổ chức, cá nhân tôn giáo thực hiện thủ tục hành chính liên quan nhanh gọn, thuận lợi. Trong quản lý, nhiều hoạt động tín ngưỡng, tôn giáo từ chấp thuận được thay bằng hình thức đăng ký và từ đăng ký thay vào bằng hình thức thông báo. Luật cũng quy định về xử lý vi phạm trong lĩnh vực tín ngưỡng, tôn giáo cho cả tổ chức, cá nhân có tôn giáo và người thực thi pháp luật nhằm tăng tính nghiêm minh và nâng cao tính chủ động, hiệu quả trong thực thi pháp luật. Đồng thời cũng thể hiện tính công khai, minh bạch của nhà nước pháp quyền, phù hợp tinh thần Hiến pháp năm 2013, bảo đảm sự tương thích với các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên.
Việc ban hành Luật tín ngưỡng, tôn giáo đã đánh dấu son cho quá trình hoàn thiện pháp luật về tín ngưỡng, tôn giáo của Việt Nam, cụ thể hóa chủ trương nhất quán của Việt Nam về quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo, có ý nghĩa quan trọng cả về đối nội và đối ngoại, phù hợp với chủ trương cải cách thể chế, đơn giản hóa thủ tục hành chính hiện nay ở Việt Nam, đảm bảo lợi ích của quốc gia, dân tộc và các tổ chức tôn giáo. Đồng thời cũng khẳng định với quốc tế Việt Nam luôn là thành viên tích cực, có trách nhiệm trong việc đảm bảo quyền con người, trong đó có quyền tự do tín ngưỡng, tôn giáo; là minh chứng để chống lại luận điệu xuyên tạc của các thế lực xấu xuyên tạc, vu cáo Việt Nam vi phạm dân chủ nhân quyền, tôn giáo.
