Ngoài cơ chế theo Hiến chương và cơ chế theo công ước còn có cơ chế theo các thủ tục đặc biệt, được hình thành trên cơ sở nghị quyết của HĐNQ và ECOSOC, nhằm điều tra những cáo buộc vi phạm nhân quyền và giải quyết các khiếu nại về nhân quyền.
Bên cạnh các cơ chế khác như UPR, HĐNQ còn thực hiện việc điều tra những tình huống vi phạm quyền diễn ra ở một quốc gia, khu vực cụ thể thông qua các nhóm công tác hoặc các báo cáo viên đặc biệt, hay chuyên gia độc lập. Trong một số trường hợp, Tổng Thư ký cũng có thể chỉ định các đại diện đặc biệt để thực hiện nhiệm vụ này.
Thủ tục kể trên, gọi chung là thủ tục đặc biệt, được bắt đầu triển khai từ năm 1980 theo hai hình thức: a) điều tra những vấn đề nghiêm trọng về nhân quyền (không hạn chế về lãnh thổ, gọi là điều tra theo chủ đề) như: Báo cáo viên đặc biệt về tra tấn, Báo cáo viên đặc biệt về tự do tôn giáo, Nhóm công tác về các vụ bắt giữ tuỳ tiện…; và b) điều tra những vi phạm nhân quyền nghiêm trọng xảy ra ở một quốc gia (gọi là điều tra theo quốc gia) như: Báo cáo viên đặc biệt về Campuchia, Báo cáo viên đặc biệt về CHDCND Triều Tiên…). Các chủ thể này có thẩm quyền: Thực hiện các chuyến thăm quốc gia (khi được quốc gia mời); Nhận các khiếu nại từ các cá nhân cho rằng mình là nạn nhân của sự vi phạm các quyền con người; Hỗ trợ kỹ thuật, thực hiện các nghiên cứu chuyên đề; Báo cáo hàng năm lên HĐNQ và ĐHĐ… Đến nay, đã có 66 chủ thể có thẩm quyền đặc biệt đang hoạt động (gồm thủ 44 tục theo chủ đề và 12 thủ tục theo quốc gia).
